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發(fā)育基因的表觀突變是養(yǎng)殖歐洲鱸魚開始馴化的基礎(chǔ)

Epimutations in developmental

genes underlie the onset of domestication in farmed European sea bass. Mol Biol Evol. 2019 May 30 (IF= 14.797)

本研究通過RRBS測序，比較了早期馴化的

(n=12)與野生的(n=12)

歐洲鱸魚在馴化過程中DNA甲基化變化，發(fā)現(xiàn)早期馴化的鱸魚與野生的沒有遺傳差異，但在不同胚胎起源的組織中發(fā)生DNA甲基化變化。這些甲基化突變與經(jīng)過25年選擇性育種后的胞嘧啶至胸腺嘧啶多態(tài)性***重疊，表觀突變基因與正選擇基因一致。結(jié)果表明馴化初始階的表觀變異是一個重要事件。 cfDNA，cell free DNA，就是血液中游離的自身DNA。RIP-seq技術(shù)服務(wù)歡迎咨詢

    焦磷酸測序(Pyrosequencing)隨著技術(shù)的不斷改進，現(xiàn)在認為焦磷酸測序技術(shù)（Pyrosequencing）是甲基化檢測新的金標準。焦磷酸測序作為一種新的序列分析技術(shù)，能夠快速地檢測甲基化的頻率，對樣品中的甲基化位點進行定性及定量檢測，為甲基化研究提供了新的途徑。在序列延伸過程中，根據(jù)C和T的摻入量來定量確定單個位點的C-T比例。因此，不同位點的甲基化變異就能被準確檢測，并給出精確的甲基化程度的數(shù)據(jù)。QIAGEN公司在焦磷酸測序的應(yīng)用上具有明顯的優(yōu)勢，目前提供三種焦磷酸測序儀器，通量由低到高，適合不同的應(yīng)用。PyroMarkQ24的強項在于可對多達24個樣品進行焦磷酸測序。需要大樣品量的應(yīng)用更適合在PyroMarkQ96ID上進行。在考慮到處理成百上千個樣品所需的大量試劑時，運行通量**化可能會使實驗成本變得很高。而PyroMarkQ96MD裝有一臺高度靈敏的光檢測攝像頭，可以在減少試劑量的情況下對少量的DNA模板進行準確測序。這些不同平臺的推出，對于我們實際研究提供了更有效的檢測手段。 RIP-seq技術(shù)服務(wù)歡迎咨詢甲基化驗證是甲基化研究必不可少的一環(huán)。

微生物定植對腸道免疫和代謝相關(guān)基因DNA甲基化的影響——團隊成員發(fā)表

Early microbial colonization

affects DNA methylation of genes related to intestinal immunity and metabolism

in preterm pigs. DNA Res. 2018 Jan 19. (IF= 5.415)

我們以早產(chǎn)幼豬為模型，采用RRBS測序，比較正常(CON,

n=7) 和口服*** (AB, n=7)早產(chǎn)豬的腸道DNA甲基化差異，發(fā)現(xiàn)***減少了細菌密度及多樣性，同時改變了DNA甲基化水平。其中與先天免疫應(yīng)答、吞噬、內(nèi)皮穩(wěn)態(tài)和組織代謝等相關(guān)基因的DNA甲基化和表達存在***的差異。這種有賴腸道菌群的表觀遺傳修飾參與調(diào)控腸道免疫及營養(yǎng)代謝等，可能對早產(chǎn)兒的短期和長期的腸道健康至關(guān)重要。

    DNA羥甲基化(5hmC)是被認為是哺乳動物基因組上的第六堿基。Bisulfite-Seq并不能區(qū)分甲基化(5mC)和羥甲基化(5hmC)，實際上是5mC和5hmC兩種修飾的混合信號，而通過氧化亞硫酸鹽測序(oxidativebisulfitesequencing,oxBS-Seq)，先將5hmC氧化為甲?；揎?5fC)，進而被亞硫酸鹽轉(zhuǎn)換為堿基U，實現(xiàn)DNA甲基化的精細檢測。而同時對樣本進行BS-Seq和oxBS-Seq測序則可實現(xiàn)對5hmC全基因組，單堿基分辨率的檢測，是羥甲基化檢測的金標準方案。(12):1730-1741.(IF=)作者利用全基因組氧化-亞硫酸鹽測序(WGBS/oxWGBS)得到了肝臟和肺以及配對**組織的全基因組DNA甲基化和羥甲基化圖譜。在活躍的基因中，5hmC在CpGIslandshore中呈***富集狀態(tài)，而在CpGIsland中則呈稀缺狀態(tài)。對啟動子、基因體和轉(zhuǎn)錄終止區(qū)域的羥甲基化分析，羥甲基化與基因表達有很強的正相關(guān)，這表明5hmC是活躍基因的標記，并且可以在由DNA去甲基化調(diào)節(jié)的基因表達中發(fā)揮作用。 RRBS開發(fā)的初衷就是為人和哺乳動物，提供全基因組范圍的、高性價比的甲基化檢測金標準方案。

    重亞硫酸鹽處理結(jié)合測序是目前檢測甲基化的金標準。除了全基因組甲基化測序技術(shù)等研究手段，對于大樣本量甲基化研究來說，更需要靈活、有針對性的技術(shù)方案。NGS-BSP方法適合幾個到幾十個基因或者位點進行大樣本甲基化測序或者驗證項目，具有更快速的實驗周期及低成本優(yōu)勢。技術(shù)優(yōu)勢高效靈活的目標區(qū)域甲基化檢測的工具BSP和高通量測序完美結(jié)合，單堿基分辨率適合幾個到幾十個位點的大樣本驗證項目適合所有動物樣本、周期快、檢測位點靈活、性價比高科學方案設(shè)計從項目背景了解、協(xié)助方案設(shè)計、實驗材料選取、建庫測序，到數(shù)據(jù)分析每個項目有特定的科學問題；需要專業(yè)、有價值的建議；科學、縝密的設(shè)計及時高效的溝通；以保障高質(zhì)量研究成果樣本要求：基因組DNA:>=1ug(20個區(qū)域/位點)；樣品濃度>30ng/ul；無RNA和蛋白污染建庫測序：測序策略：IlluminaHiSeq,PE150；測序深度：>。 細胞、全血、組織樣本干冰運輸。RIP-seq技術(shù)服務(wù)歡迎咨詢

DNA甲基化是生物界神奇的“帽子”。RIP-seq技術(shù)服務(wù)歡迎咨詢

GOS2基因靶向甲基化測序確定了一種快速復發(fā)、常規(guī)致死的腎上腺皮質(zhì)*亞型

Targeted Assessment of G0S2

Methylation Identifies a Rapidly Recurrent, Routinely Fatal Molecular Subtype

of Adrenocortical Carcinoma. Clin Cancer Res. 2019; 25(11):3276-3288.

(IF= 10.199)

研究者分析了ACC-TCGA數(shù)據(jù)，在114例腎上腺皮質(zhì)**的**隊列中鑒定了一個在CIMP高ACC中***被高甲基化并沉默的基因G0S2，并通過高通量BSP得到驗證。G0S2基因CpG島高甲基化**預測不良臨床后果，是ACC快速復發(fā)或致死的標志。評估G0S2甲基化對臨床決策是直接可行的，并有助于對侵襲性ACC進行有效輔助***。 RIP-seq技術(shù)服務(wù)歡迎咨詢