空間轉錄組的一般流程。將準備好的新鮮冷凍組織切片放置于空間轉錄組芯片上。每個細胞中的RNA分子都包含著基因表達的信息。組織切片成像，以檢索組織學信息。這樣就可以看到一個細胞或一組細胞在組織中的位置。空間轉錄組芯片上含有上千個捕獲的spot，這些捕獲探針的 Poly-T 尾可以結合RNA分子的 Poly-A 尾。這些陣列的排列順序就像一個棋盤，帶有相同身份條形碼（barcode）的探測位于同一個正方形中。這樣就可以確定每個捕獲探針及其結合RNA的來源。組織切片固定。該芯片包含一個與組織切片一起成像的視覺可檢測框架。許多當前時代空間轉錄組技術的基礎都是在自七十年代以來的幾十年間建立的。河南空間轉錄組使用
空間轉錄組技術作為當今前沿的科研技術，相信很多老師都希望將其運用于自己的課題中，快速發(fā)表高分文章。歐易生物具有上百例空間轉錄組項目執(zhí)行經驗，致力通過質量的服務，助力各位科研工作者取得新的突破。由上海歐易生物醫(yī)學科技有限公司（以下簡稱“歐易生物”）主辦的“空間轉錄組學培訓班”落下帷幕。培訓中，歐易講師團隊以其豐富的項目經驗及專業(yè)的生信能力，從空間轉錄組學的發(fā)展歷程、測序原理、實驗實操及數(shù)據(jù)挖掘等多維度，向遠道而來的學員們展開了系統(tǒng)性的培訓。
青?？臻g轉錄組報價研究通過對 ALS 小鼠疾病進程（癥狀前、發(fā)病、癥狀期和終末期）的脊髓組織進行空間轉錄組測序。
1. 空間轉錄組實驗步驟A。切片制備和優(yōu)化：取新鮮組織、冷凍、切片，并進行HE染色成像，優(yōu)化確定切片是否覆蓋靶向區(qū)域。空間轉錄組實驗步驟B。切片固定和透化：將組織切片放置在含有與RNA結合捕獲探針的載玻片上，并進行固定和透化，使細胞中的 mRNA 得到釋放，并結合到相應的捕獲探針上，從而獲取基因表達信息。空間轉錄組實驗步驟c。逆轉和文庫構建：以捕獲的 RNA 為模板，進行 cDNA 合成，和測序文庫制備。空間轉錄組實驗步驟d。高通量上機測序：對制備好的測序文庫，進行二代高通量短讀長測序。空間轉錄組實驗步驟e。數(shù)據(jù)可視化分析：結合HE結果，確定哪些基因有表達，表達量高低，以及這些基因的空間位置信息。
歐易生物高級技術支持陳老師首先給大家介紹了空間轉錄組學的發(fā)展歷程、測序流程及原理。緊接著，歐易生物技術支持姚老師針對目前空間轉錄組學發(fā)表的一系列高分文章進行了方案設計的解析。姜老師給大家詳細介紹了空間轉錄組項目樣本準備、切片、貼片等實驗過程及注意事項，并帶領大家到實驗室實地觀摩了整個實驗過程，并就其中細節(jié)進行了講解。董老師針對空間轉錄組10x Space Ranger的分析原理及結果進行了詳細解析，并介紹了使用Seurat包進行數(shù)據(jù)挖掘的標準分析流程。10x Genomics空間轉錄組技術可以應用于免疫、發(fā)育、神經和病理等研究方向。
10x Genomics空間轉錄組技術的準確性高嗎？下圖是一個將10x Genomics空間轉錄組技術應用于小鼠海馬體研究的案例。A圖為腦組織切片的HE染色結果，從10x Genomics空間轉錄組分析結果中，可以清晰看到Tmsb4x（B圖）和Selenow（C圖）在海馬體區(qū)域高表達，和已知的研究結果一致性較高。開展10x Genomics空間轉錄組需要做哪些準備？空間轉錄組是一項十分前沿的技術，涉及到很多細節(jié)方面的準備工作，例如組織類型的選擇、前期預實驗的設計、病理區(qū)域的確認等一系列內容。而且實驗中存在很多不確定性因素，處理不慎容易導致整個項目失敗?？臻g轉錄組的條形碼逆轉錄oligo(dT)引物在顯微鏡載玻片表面的有序附著。云南空間轉錄組領域
空間轉錄組細胞通訊分析方法簡介及實操。河南空間轉錄組使用
空間轉錄組學(ST)是一種方法，允許在組織樣本中可視化和定量分析轉錄組與空間分辨率。通過在載玻片上排列含有位置條形碼的寡核苷酸的組織切片，該方法聲稱可以生成具有精確位置信息的高質量的RNA-seq cDNA文庫。條形碼芯片有1007個帶有獨特條形碼序列的引物位點。每個位置都有一個直徑100μm(對應于一個組織域)中心到中心的距離是200μm。歐易生物具有上百例空間轉錄組項目執(zhí)行經驗，在空間轉錄組樣本處理、實驗和數(shù)據(jù)挖掘上的成功經驗，致力通過質量的服務，助力各位科研工作者取得新的突破。河南空間轉錄組使用
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