杭州種子基因脫靶檢測guide-sequence

圍繞大家關(guān)心的CRISPR基因編輯安全性問題，我們首先對CRISPR脫靶位點檢測技術(shù)進行一次大盤點，在sgRNA設計階段需要如何做才能夠盡可能地避免脫靶現(xiàn)象的發(fā)生。較簡單的脫靶位點檢測方法是全基因組測序（WGS），但在實際使用中，即使測序深度達到100X，也很難發(fā)現(xiàn)一些低頻率的脫靶位點，同時測序成本卻非常高。為彌補WGS的這些缺陷，常見的脫靶位點檢測技術(shù)都需要對脫靶位點進行捕獲富集，來提高檢測靈敏度，降低測序成本。按照實驗原理的不同，脫靶位點檢測技術(shù)可以分為細胞外、細胞內(nèi)和其他特殊方法這3類。脫靶檢測CRO，推薦唯可生物，實驗實力強，專業(yè)性高，檢測效率高，結(jié)果準確率高。杭州種子基因脫靶檢測guide-sequence

基因zhiliao產(chǎn)品特有的可能會引起遲發(fā)性不良反應的風險因素包括：基因組整合活性基因zhiliao產(chǎn)品可能會采用修飾宿主基因組的技術(shù)，并有可能在宿主細胞或組織中持續(xù)存在。很多基因zhiliao載體的基因整合不會指向基因組的特定位點，可能在整合位點處產(chǎn)生插入突變、或jihuo整合位點附近的原基因等，進而破壞重要基因功能或增加惡性liu的風險，例如，國外已有多項研究報告在接受了使用γ-逆轉(zhuǎn)錄病毒載體轉(zhuǎn)導的基因修飾細胞zhiliao的受試者中發(fā)生白血病。因此，對于存在此類風險的產(chǎn)品，有必要進行長期隨訪臨床研究以評估出現(xiàn)遲發(fā)不良反應的風險。廣州高精度脫靶檢測guide-sequence可以與靶基因之外的其他基因作用而非特異性阻斷基因表達,即產(chǎn)生非靶基因的沉默效應。

Guide-seq原理圖，Discover-seq細胞內(nèi)的脫靶切割一般無法直接捕獲，除了Guide-seq這種連接dsODN來間接記錄脫靶位點的方法外，研究者們還想出一種蛋白介導的方法Discover-seq。由于DNA雙鏈斷裂后細胞會啟動DNA修復機制，大量蛋白參與到斷裂處的修復，所以研究者就對相關(guān)蛋白進行篩選，找到其中MRE11結(jié)合DNA的位點與DNA雙鏈斷裂的相關(guān)性比較好。DISCOVER-seq便是通過MRE11的CHIP-seq（染色質(zhì)免疫共沉淀）來反映CRISPR的脫靶位點。。。。

細胞外檢測方法：細胞外檢測方法較為直接，將基因組提純后進行CRISPR體外切割實驗，再捕獲發(fā)生脫靶切割的位點即可。1) Digenome-seqDigenome-seq是較早提出的一類細胞外脫靶位點檢測方法，提純的基因組DNA被Cas9/sgRNA切割后，再經(jīng)過標準的全基因組測序流程獲得測序數(shù)據(jù)，之后需要較為復雜的生物信息學分析才能夠獲得CRISPR切割位點的信息?？傮w來講，這種方法測序成本較高，并且檢測靈敏度也有限。2)SITE-seq為了有效檢測到低頻脫靶位點，一般需要在建庫時定向捕獲CRISPR切割位點。SITE-seq就是這樣一種測序方法，提純的基因組DNA經(jīng)過Cas9/sgRNA切割后，在切割位點末端連接帶Biotin的接頭；再隨機打斷基因組，在另一端連接第二個接頭；經(jīng)過鏈霉親和素磁珠純化，只有一輪被Cas9切割的DNA才能夠被純化并測序，實現(xiàn)了CRISPR切割位點的富集。該方法雖然提高了脫靶位點的檢測靈敏度，但有著較高的實驗要求，每次需要投入大量的基因組DNA，并且無法區(qū)分提純基因組DNA時發(fā)生的隨機斷裂和Cas9的切割，導致產(chǎn)出較為明顯的背景信號。同時，由于一輪Biotin接頭只會接在Cas9切割位點的一側(cè)，導致測序結(jié)果里只能看到脫靶位點一側(cè)的序列?；虔煼摪袡z測，推薦唯可生物，實驗實力強，專業(yè)性高，檢測效率高，結(jié)果準確率高。

TCR修飾免疫細胞的脫靶毒性可通過評估TCR與人體自身抗原肽的交叉識別能力來評估。首先，應采用體外試驗測定TCR修飾的免疫細胞與人自身抗原肽-HLA（與遞呈靶抗原肽的HLA等位基因相同）復合物的親和力，并說明抗原肽的選擇依據(jù)及選擇范圍。此外，還應研究其他相關(guān)或不相關(guān)的蛋白中是否含有靶抗原肽序列。如果TCR與人自身抗原肽有交叉反應可能，應確定靶抗原肽的較小識別基序（motif），并采用計算機預測分析評估交叉反應性。如果計算機預測可識別出具有潛在交叉反應性的抗原肽，應在體外測定TCR修飾免疫細胞對表達相應蛋白或遞呈相應抗原肽的的細胞的識別能力。如果不能排除交叉反應性，應基于含有潛在交叉反應性抗原肽的蛋白的表達模式以及TCR與潛在交叉反應性抗原肽的親和力來進行風險評估。為獲得TCR與其他等位HLA潛在交叉反應性的信息，應進行充分的HLA交叉反應性篩選。對于TCR修飾的T細胞，還應關(guān)注引入TCR鏈和內(nèi)源性TCR之間的錯配可能性，應描述和說明旨在降低錯配可能性的TCR設計策略。脫靶(off-target)效應是指MicroRNA Agomir/Antagomir可以與特異性互補的核苷酸序列結(jié)合。武漢基因療法脫靶檢測

根據(jù)選擇的sgRNA，通過生物信息學方法，對sgRNA進行脫靶分析。杭州種子基因脫靶檢測guide-sequence

采用基因編輯技術(shù)制備的細胞產(chǎn)品。對于采用基因編輯技術(shù)制備的基因修飾細胞產(chǎn)品，應進行體外在靶和脫靶活性評估，以確認修飾酶或向?qū)NA對靶基因序列的特異性。在評估基因編輯的脫靶風險時，應說明所選擇的評價策略的合理性和敏感性。雖然采用計算機分析預測基因編輯的潛在脫靶位點，并對潛在脫靶位點進行深度測序分析，可用于評估基因編輯的脫靶風險；但選擇的評價策略仍應包含體外全基因組測序比對，以證明潛在脫靶位點未出現(xiàn)脫靶。此外，在評估脫靶活性時，還應評估種屬特異性的差異、細胞病理生理狀態(tài)的差異或細胞類型的差異對非臨床數(shù)據(jù)預測性的影響。必要時，還應分析基因編輯對細胞表型和生理功能的潛在影響。杭州種子基因脫靶檢測guide-sequence