轉(zhuǎn)錄組及轉(zhuǎn)錄組測序（RNA-seq）：轉(zhuǎn)錄組即特定細胞在某一功能狀態(tài)下所能轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA的總和，包括mRNA和非編碼RNA。轉(zhuǎn)錄組測序（RNA-seq）主要通過高通量測序研究特定組織或細胞在某個時期轉(zhuǎn)錄出來的mRNA的表達量，進而對相關(guān)基因和表型的關(guān)系進行分析。本質(zhì)上講RNA-seq就是在用一種新的方法實現(xiàn)“基因決定性狀”的經(jīng)典思路。在RNA-seq之前用于研究基因組表達分析的主要技術(shù)是基因芯片，不過由于高通量測序成本的下降，RNA-seq的運用愈來愈普遍。轉(zhuǎn)錄組學狹義上指所有mRNA的組合。浙江靶向轉(zhuǎn)錄組學
circRNA轉(zhuǎn)錄組學：是一類具有閉合環(huán)狀結(jié)構(gòu)的非編碼RNA分子，沒有5′帽子結(jié)構(gòu)和3′poly（A）結(jié)構(gòu)，主要位于細胞質(zhì)或儲存于外泌體中，不受RNA外切酶影響，表達更穩(wěn)定且不易降解，已被證明普遍存在于多種真核生物體內(nèi)[1]。大多數(shù)circRNA是由外顯子環(huán)化而成，也有部分circRNA是由內(nèi)含子環(huán)化而成的套索結(jié)構(gòu)。同時由于circRNA含有大量的miRNA應答原件（MREs），能與AGO蛋白形成RNA誘導沉默復合體（RISC）的催化關(guān)鍵，然后導致circRNA降解。根據(jù)來源，circRNA可大致分為四類：全外顯子型的circRNA，內(nèi)含子和外顯子組合的EIcircRNA，內(nèi)含子組成的套索型ciRNA，由病毒RNA基因組、tRNA、rRNA、snRNA等環(huán)化產(chǎn)生的circRNA。北京全長轉(zhuǎn)錄學組研究內(nèi)容RNA-Seq轉(zhuǎn)錄組學有著巨大的應用前景。
RNA-Seq轉(zhuǎn)錄組學的應用：RNA-Seq即對轉(zhuǎn)錄組進行測序和分析。一般來說在研究所會委托公司測序得到數(shù)據(jù)自己進行后續(xù)的生信分析（質(zhì)控，mapping，差異基因表達分析，SNV分析等）。RNA-Seq有著巨大的應用前景。在不同背景下比較mRNA水平同一物種，不同組織：研究基因在不同部分的表達情況。同一物種，同一組織：研究基因在不同處理下，不同條件下的表達變化。同一組織，不同物種：研究基因的進化關(guān)系。時間序列實驗：基因在不同時期的表達情況與發(fā)育的關(guān)系?；蚍诸悾赫业郊毎禺?，疾病相關(guān)，處理相關(guān)的基因表達模式，用于診斷疾病和預測等?；蚓W(wǎng)絡(luò)和通路：基因在細胞活動中的功能，基因間的相互作用。
轉(zhuǎn)錄組學測序流程：1、樣品RNA準備。2、測序文庫構(gòu)建。3、DNA成簇(Cluster)擴增。4、高通量測序(Illumina)。5、數(shù)據(jù)分析。轉(zhuǎn)錄組的分析大致有以下幾種情況：1、同一物種在發(fā)育過程中的各時間節(jié)點的基因表達特點及存在的差異；2、不同品系之間存在的差異表達基因；3、不同的外界條件處理，如細菌、病毒、光照、紫外、干旱、高溫、高鹽脅迫，對基因表達的影響；4、同一個體，不同組織之間的基因表達差異。簡而言之，轉(zhuǎn)錄組學是從RNA水平研究基因表達的情況。轉(zhuǎn)錄學組測序能夠提供更高的檢測通量。
普通轉(zhuǎn)錄組學測序適用于哪些情況？普通轉(zhuǎn)錄組測序主要適用于兩大類：一是不同的生長階段或者發(fā)育過程；二是不同的環(huán)境、藥物、病原菌等逆境脅迫處理。轉(zhuǎn)錄組學測序必須做生物學重復么？需要幾個重復？生物學重復是生物實驗所必須的，轉(zhuǎn)錄組測序也不例外，至少3次生物學重復。準備生物重復樣品時，通過對實驗的預先設(shè)計和控制，盡可能將與實驗處理無關(guān)的背景條件控制在同一水平，減少批次效應對結(jié)果的影響。轉(zhuǎn)錄組學測序可以同時測到mRNA、lncRNA、micRNA以及circRNA么？我們通常所講的轉(zhuǎn)錄組測序只能測到mRNA。但是全轉(zhuǎn)錄組測序通過構(gòu)建兩個測序文庫（一是小RNA測序文庫、二是lncRNA測序文庫）是可以測到以上4種RNA的。轉(zhuǎn)錄組學測序有什么樣的樣品要求？浙江靶向轉(zhuǎn)錄組學
轉(zhuǎn)錄組學可以直接測定每個轉(zhuǎn)錄本單核苷酸分辨率的準確度。浙江靶向轉(zhuǎn)錄組學
轉(zhuǎn)錄組學測序比其他研究方法有哪些優(yōu)勢?轉(zhuǎn)錄組學測序具有以下優(yōu)勢：（1）可以直接測定每個轉(zhuǎn)錄本片段序列、單核苷酸分辨率的準確度，同時不存在傳統(tǒng)微陣列雜交的熒光模擬信號帶來的交叉反應和背景噪音問題；（2）靈敏度高，可以檢測細胞中少至幾個拷貝的稀有轉(zhuǎn)錄本；（3）可以對任意物種進行全基因組分析，無需預先設(shè)計特異性探針，因此無需了解物種基因信息，能夠直接對任何物種進行轉(zhuǎn)錄組分析，同時能夠檢測未知基因，發(fā)現(xiàn)新的轉(zhuǎn)錄本，并準確地識別可變剪切位點及cSNP，UTR區(qū)域。（4）檢測范圍廣，高于6個數(shù)量級的動態(tài)檢測范圍，能夠同時鑒定和定量稀有轉(zhuǎn)錄本和正常轉(zhuǎn)錄本。浙江靶向轉(zhuǎn)錄組學
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